Natri florua bị liệt vào dạng độc chất khi ngửi (dạng bụi hoặc phun) và nuốt.[11] Ở liều vừa đủ, nó còn thể hiện ảnh hưởng đến tim và hệ tuần hoàn, và liều chết người đối với người nặng 70 kg là khoảng 5–10 g.[5]

Ở liều cao hơn dùng để điều trị loãng xương, natri florua thường có thể gây đau chân và gây gãy xương không hoàn toàn khi liều quá cao; nó còn làm kích thích dạ dày, thỉnh thoảng còn gây loét dạ dày. rely as to cause ulcers. Dạng tiêu huỷ chậm và che phủ ngoài ruột của natri florua không gây tác dụng phụ về ruột trong bất kì cách nào,và có biến chứng nhẹ hơn và ít gặp hơn cho xương.[12] Trong liều thấp dùng để flo hoá nước, chỉ có tác hại rõ duy nhất là flo hóa răng, mà có thể thay đổi vẻ bề ngoài răng của trẻ em trong sự phát triển răng; điều này nhẹ và không chắc chắn để tuyên bố bất kì ảnh hưởng thẩm mĩ hay sức khoẻ nào.[13]